故事发生在2029年，彼时，X战警早已经解散，作为为数不多的仅存的变种人，金刚狼罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）和卡利班（斯戴芬·莫昌特 Stephen Merchant 饰）照顾着年迈的X传授（帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰），由于衰老，X传授已经丧失了对于自己超才能的控制，假如不依附药物，他的超才能就会失控，在全球范围内制造无法挽回的灾难。不仅如此，金刚狼的自愈才能亦随着时间的流逝逐渐减弱，体能和力量都早已经大不如从前。
　　某日，一位生疏女子找到了金刚狼，将一个名为劳拉（达芙妮·基恩 Dafne Keen 饰）的女孩托付给他，吩咐他将劳拉送往位于加拿大边境的“伊甸园”。让罗根没有想到的是，劳拉竟然是被植入了自己的基因而造就出的人造变种人，而在传说中的伊甸园里，有着一群和劳拉际遇类似的孩子。险恶的唐纳德（波伊德·霍布鲁克 Boyd Holbrook 饰）紧紧的追踪着罗根一行人的踪迹，他的目标只有一个，就是将那群人造变种人彻底毁灭。